2006 yılında Gençlerbirliği Oftaş'ta oynarken Galatasaray, Gönül'ü 19 yaşında iken istemiş, fakat İlhan Cavcav'ın Gökhan için 2.5 milyon Euro gibi Galatasaray tarafından çok fazla bulunan bir miktar istemesi transferi gerçekleştirmemiştir ve Gökhan bir sene daha Gençlerbirliği Oftaş'ta forma giymiştir. 2007 yılında Fenerbahçe'ye 6 yıl için 3 milyon Euro'ya transfer olmuştur.Gökhan Gönül 2012-2013 sezonunda 7.haftada oynanan 3-0 kazanılan Beşiktaş derbisinde 2 gol atarak maçın yıldızı olmuştur.Ayrica bu maçla beraber Gökhan Lig kariyeri boyunca İlk kez bir maçta 2 gol birden atmıştır.
Millî takım kariyeri
Milli formayla ilk maçına 17 Kasım 2007'de Norveç'e karşı çıkmış ve ilk maçında bir de asist yapmıştır. Maç sonrasında duygularını "Sadece ufak bir heyecanım vardı. Onu da topla ilk buluşmamda üzerimden attım. Kendime güvenim vardı." diyerek ifade etmiştir.
Gokhan Türkiye Millî Futbol Takımı'ı antrenmanındayken
Gönül'ün Euro 2008 öncesi sakatlanıp turnuvayı kaçırması ise kendisi ve hem de Türkiye için büyük bir şanssızlık oldu. Gökhan, 2007-2008 sezonu sonlarında Fenerbahçe'nin oynadığı maçlarda sahaya sakat olarak çıktığı için ağrıları nüksetmiş ve tedavisi Euro 2008'e yetişemeyerek Milli Takım kadrosundan çıkarılmıştır. Gökhan Gönül Türkiye Milli Takımı forması altında ilk golünü 29 Mart 2011 tarihinde Türkiye'nin Avrupa elemelerindeki Avusturya'yı 2-0 yendiği maçta atmıştı.
Millî takım kariyeri
Milli formayla ilk maçına 17 Kasım 2007'de Norveç'e karşı çıkmış ve ilk maçında bir de asist yapmıştır. Maç sonrasında duygularını "Sadece ufak bir heyecanım vardı. Onu da topla ilk buluşmamda üzerimden attım. Kendime güvenim vardı." diyerek ifade etmiştir.
Gokhan Türkiye Millî Futbol Takımı'ı antrenmanındayken
Gönül'ün Euro 2008 öncesi sakatlanıp turnuvayı kaçırması ise kendisi ve hem de Türkiye için büyük bir şanssızlık oldu. Gökhan, 2007-2008 sezonu sonlarında Fenerbahçe'nin oynadığı maçlarda sahaya sakat olarak çıktığı için ağrıları nüksetmiş ve tedavisi Euro 2008'e yetişemeyerek Milli Takım kadrosundan çıkarılmıştır. Gökhan Gönül Türkiye Milli Takımı forması altında ilk golünü 29 Mart 2011 tarihinde Türkiye'nin Avrupa elemelerindeki Avusturya'yı 2-0 yendiği maçta atmıştı.