Naruto serisinin 135. bölüm sonrasından filler bölümleri yok sayılarak devam etmiştir.naruto shippuuden japonca anlamıyla fırtına günlükleri,naruto ve sasuke'nin şelaledeki savaşından sonra sasukenin orochimaru tarafında yer alması ve narutonun jiraiya önderliğinde eğitiminden dönüş sonrası zamani anlatır.Bu süre içinde güçlerini iyice geliştiren naruto köye geri döndükten sonra eski takım arkadaşı sakura haruno ve eski senseileri hatake kakashi ile tekrar bir takım olma çabası içine girerler.Bu arada haruno sakura büyük bir gelişme göstermiştir.5.hokage tsunade-sama önderliğinde çok yetenekli ve güçlü bir medic-ninja olmuştur.Uchiha sasuke ise orochimarunun yanında abisi uchiha itachiden intikam alacağı günü beklemekte ve hazırlık yapmaktadır.Ve narutonun en büyük dileği açıktır orochimaru sasukenin bedenini ele geçirmeden en iyi arkadaşını kurtarmak.
